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Biopython教程
Biopython是一个开源的python工具，主要用于生物信息学领域.本教程将介绍Biopython软件包的基础知识，生物信息学概述，序列操作和绘图，群体遗传学，聚类分析，基因组分析，与BioSQL数据库的连接，最后总结一些例子.
观众
本教程是为那些希望使用python作为编程工具在生物信息学编程领域开展事业的专业人士准备的.本教程旨在让您熟悉Biopython概念及其各种功能.
先决条件
在继续处理各种类型的在本教程中给出的概念，假设读者已经了解生物信息学.除此之外，如果读者对Python有充分的了解，那将非常有用.
本文地址：https://itbaoku.cn/tutorial/biopython-index.html
相关问答
我试图用phylo模块的生物繁殖建造一棵树. 到目前为止，我所做的是此图像: 每个名称都有一个四位数的数字，后跟 - 一个数字:此数字是指表示序列的次数.这意味着1578-22，该节点应表示22序. 带有序列的文件对齐: file 具有建造树的距离的文件: file 所以现在我知道如何更改节点的每个大小.每个节点的大小不同，这很容易执行不同值的数组: fh = open(MEDIA_ROOT + "groupsnp.txt") list_size = {} for line in fh: if '>' in line: labels = line.split('>') label = labels[-1] label = label.split() num = line.split('-') size = num[-1] size = size.split() for lab in label: for number in size: list_size[lab] = i
)
我有一个快速文件，可以通过 SeqIO.parse SeqIO.parse .. 我有兴趣提取序列ID和序列长度.我用这些线做到了，但是我觉得它太重了(两个迭代，转换等) from Bio import SeqIO import pandas as pd # parse sequence fasta file identifiers = [seq_record.id for seq_record in SeqIO.parse("sequence.fasta", "fasta")] lengths = [len(seq_record.seq) for seq_record in SeqIO.parse("sequence.fasta", "fasta")] #converting lists to pandas Series s1 = Series(identifiers, name='ID') s2 = Series(lengths, name='length') #Gathering Series into a pand
)
我正在使用Bio.Restrictions方法试验一些问题，我不确定这是由于Python，Biopython还是我对Python的不良理解. 当我尝试在 您可以通过传递酶的列表来启动限制批次 或酶为参数. 在python 返回词典键列表的副本 所以我尝试了: rb = RestrictionBatch(Enzymes.keys()) 但是我有一个错误:ValueError: is not a RestrictionType 测试我在哪里创建了此代码，以了解它是否真的是列表 from Bio.Seq import Seq Enzymes = {'XhoI': Seq('CTCGAG'), 'BsmBI': Seq('CGTCTC'), 'SceI': Seq('AGTTACGCTAGGGATAACAGGGTAATATAG'), 'BamHI': Seq('GGATCC'), 'BsaI': Seq('GGTCTC'), 'SacI': Seq('GAGCTC'), 'BbsI': Seq('GAAGAC'), 'AarI': Seq('CACCTGC'), 'EcoRI': Seq('GAATTC'), 'SpeI': Seq('ACTAGT'), 'CeuI': Seq('TTCGCTACCTTAGGACCG
)
我试图将200多个参赛作品输入Pubmed，以便记录作者发布的文章数量，并通过包括他/她的导师和机构来改进搜索.我尝试使用Biopython和XLRD(代码如下)进行此操作，但我一直获得0种次格式的0个结果(1.按名称，2.按名称和机构名称，3.按名称和3.按名称和3.按名称导师的名字).是否有步骤进行故障排除，或者我应该在使用下面指示的关键字时使用不同的格式搜索Pubmed? 输入查询的示例输出; search_term是一个链接列表，其中包含输入查询列表. print(*search_term[8:15], sep='\n') [text:'Andrew Bland', 'Weill Cornell Medical College', text:'David Cutler MD'] [text:'Andy Price', 'University of Alabama at Birmingham School of Medicine', text:'Jason Warem, PhD'] [text:'Bah Chamin', 'University of Texas Southwestern Medical School', text:'Dr. Timothy Hillar'] [text:'Eduo Cera', 'University of Colorado
)
我有一个fasta文件.从该文件中，我需要在序列的末尾和/或启动序列中获取唯一包含GTACAGTAGG和CAACGGTTTTGCC>的序列，然后将它们放入新的FastA文件中.所以这是一个例子: >m121012_054644_42133_c100390582550000001523038311021245_s1_p0/7/2516_3269 ***GTACAGTAGG***GTACACACAGAACGCGACAAGGCCAGGCGCTGGAGGAACTCCAGCAGCTAGATGCAAGCGACTA TCAGAGCGTTGGGTCCAGAACGAAGAACAGTCACTCAAGACTGCTTT***CAACGGTTTTGCC*** >m121012_054644_42133_c100390582550000001523038311021245_s1_p0/7/3312_3597 CGCGGCATCGAATTAATACGACTCACTATAGGTTTTTTTATTGGTATTTTCAGTTAGATTCTTTCTTCTTAGAGGGTACA GAGAAAGGGAGAAAATAGCTACAGACATGGGAGTGAAAGGTAGGAAGAAGAGCGAAGCAGACATTATTCA >m121012_054644_42133_c100390582550000001523038
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我使用以下代码将FASTA序列写入文件中. from Bio import SeqIO sequences = "KKPPLLRR" # add code here output_handle = open("example.fasta", "w") SeqIO.write(sequences, output_handle, "fasta") output_handle.close() 我有以下错误: self = , record = 'M' def write_record(self, record): """Write a single Fasta record to the file.""" assert self._header_written assert not self._footer_written self._record_written = True if self.record2title: title = self.clean(self.record2title(record)) else: id = self.clean(record.id) Att
)
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